Arus pertama Kristen di suku Ambon masuk bersamaan dengan Portugis yang membawa Katolik sejak kedatangannya pada 1512, kurang dari satu abad setelah sebagian suku Ambon mulai memeluk Islam. Meskipun demikian, pada kala itu berbeda dengan mereka yang ada di Hitu (utara Ambon), kebanyakan suku Ambon di Leitimur (selatan Ambon), Lease, dan Seram masih memeluk kepercayaan asli mereka, khususnya mereka yang tinggal di pedalaman dan pegunungan.[84] Benteng-benteng yang dibangun di kawasan ini oleh Portugis menjadi pusat penginjilan yang pertama kali dilakukan oleh para penginjil kapal,[lower-alpha 4] membentuk kelompok Kristen Ambon pertama. Penginjil yang benar-benar ditujukan untuk menyebarkan ajarannya kepada orang Maluku, termasuk suku Ambon baru datang pada 1522. Setidaknya telah ada 37 negeri Kristen di Ambon-Lease pada 1545.[50]